日本商标制度系采先申请主义，申请人向日本特许厅Japan Patent Office申请注册，经审查后即可取得商标权。
日本商标种类
日本商标分为四个种类：商标、团体商标、地域团体商标及防御商标。
- 商标 – 为了使商品或服务之相关消费者认识为指示商品或服务来源，并得与他人之商品或服务相区别而使用之标章。
- 团体商标 – 团体商标系由团体（如商工会、财团法人）所注册，为指示该团体之成员（如自然人或公司）所提供的商品或服务。 与一般的商标的商标权人与商标使用人系同一人非常不同，团体商标的商标权人与商标使用人是分离的，不能为同一个体。
- 地域团体商标 – 日本于2006年实行之商标制度，地域团体商标必须采用「地域名称」+「商品或服务名称」之文本之形式，用以指示团体或其成员所提供之商品或服务，与他人所提供之商品或服务相区别，例如「神户牛」、「冲绳黑糖」。 地域团体商标须由法人（农会、商工会等）申请，而该地域名称与商品或服务间须具有关连性，例如该地域为商品之产地。
- 防御商标（防护标章） – 当一注册商标系为相关消费者所熟悉或为著名商标，该商标权人可在不同类别的商品和服务上注册多个相同的商标，以达到防御目的。 申请注册防御商标的要件为：拥有已注册之基础商标、该基础商标在原商标注册指定的商品或服务上，已为相关消费者及公众熟悉、他人商标有混淆的可能性。
日本商标型态
日本特许厅于2015年实施新商标法时，才将非传统型态商标纳入商标权的保护态样，除了原有的「文字」、「图形」、「记号」及「立体商标」外，开放了「声音」、「颜色」、「动态」、「全像图」及「位置」商标的申请注册，只要具有识别来源的功能，都可成为商标。
其中，新增列入保护的非传统型态商标，其中「位置商标」为台湾商标法所未明订之商标态样。 「位置商标」，系指在商品的特定位置上，以图形或其他足以识别的标志，作为表彰来源的特征，即申请的商标必须附着在特定商品的特定部位。
例如：
（日本特许厅公告之位置商标例示）
以上图来看，将蓝色环状图样附着于刀柄上、或将蓝色圆形的图样附着于背包外观。 须特别注意的是，位置商标必须明确指出图样位于商品何处。
【日本非传统型态商标】
| 新型态商标 | 注册案例 |
|---|---|
| 声音商标 音乐、声音、自然音等形成的商标、可从听觉认知的商标。 （例：商业广告中使用的声音标志、电脑的启动音效）。 |
登录第5804299号 商标权人：久光制药（株） |
| 颜色商标 仅由单色/复数色彩组合而成的商标 （例：使用于商品的包装纸或广告用广告牌的色彩）。 *此种商标保护的是特定色彩，而非与之结合的物品或图形。 延伸阅读：【Vol 21】全家便利商店于日本获准颜色商标注册 |
登录第5930334号 商标权人：（株）蜻蜓铅笔 登录第5933289号 |
| 位置商标 文字及图形等标识附加于商品中特定位置的商标。 | 登录第5804314号 商标权人：（株）シーズ・ホールディングス  |
| 动态商标 文字及图形等伴随时间的经过而变化的商标。 （例：电视或电脑画面等映照出会变化的文字或图形） | 登录第5804316号 商标权人：（株）华歌尔  |
| 全像图商标 文字及图形等全像根据其他方法变化的商标。 （例：根据看的角度变化而看出的文字及图形） | 登录第5804315号 商标权人：三井住友卡片（株）  |
日本商标申请介绍
日本商标申请之官方语言为日语，现时日本商标申请到核准注册所需时间约7-10个月（如无发生补正、异议等情事）。
- 申请注册
外国的自然人或法人（如公司、协会）皆可申请注册，并应以「一申请案一商标」之方式为之; 申请人可指定该商标使用于二个以上类别之商品或服务（又称「一案多类」），而商品或服务需依照商品与服务国际（尼斯）分类之分类。
所需文件：
- 申请书（需载明申请人、商标图样及指定使用之商品或服务）
- 优先级证明文档（如主张优先级）
- 审查
与台湾智慧局一样，日本特许厅会就商标申请案进行「形式审查」及「实体审查」，假如日本特许厅未有发现商标有拒绝注册之理由，日本特许厅将允许该商标注册（「商标登录之查定」）。
如该商标有不得注册的情形，日本特许厅会将发出拒绝理由通知，通知申请人于限期内陈述意见。 若在审查后仍有该不得注册之情形，日本特许厅将拒绝该商标注册（「拒绝查定」）。
值得留意的是，日本商标制度目前不允许申请人声明不专用，即不能就商标中说明说、不具识别性等本来不可单独注册的部分不主张权利。 日本商标制度亦没有「并存同意」制度，即使在先商标之商标权人同意该近似或相同的后申请商标取得注册，日本特许厅亦不允许该后申请商标获得注册。
- 公告、注册、异议
日本特许厅会在申请人于期限内缴纳商标注册费后，始予注册公告，并发给商标注册证。 异议期间为自公告日起二个月，一经刊登于公告内，任何人均可于异议期间内提出异议。
- 商标权
商标权自注册公告当日起算十年。 商标权期间为十年，届满前6个月可以再申请延展十年，不限延展次数。 如商标权人在届满后6个月内申请延展，需要缴纳双倍之延展费用。 需注意的是，注册商标仅得于日本国境内行使权利，如商标连续三年没有在日本使用，将有机会被他人撤销。
授权、移转
注册商标之权利可以授权或移转至他人。 授权是指同意他人使用自己的商标，为保障自身商标权与商业利益，应向日本特许厅登记将商标移转、授权、设定质权等; 如非经日本特许厅登记者，不得对抗第三人。
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